Al voltant del 550 aC sembla que la comunitat focea ja s'instal·la en terra ferma i es funda la nova factoria o Neapolis. Poc es coneix d'aquesta factoria primigènia, que esdevindrà al llarg del segle V en una veritable ciutat i de la qual es coneixen arqueològicament els seus límits meridionals, a partir de les modificacions en l'emplaçament de les muralles.  

Poques dades es tenen de l'arquitectura domèstica i l'urbanisme de la ciutat en aquest moment, donat que la ciutat hel·lenística està superposada a aquests nivells d'ocupació antiga. De totes maneres no sembla que l'urbanisme sigues gaire diferent a la ciutat grega posterior. La ciutat creixerà en aquest moment en els seus eixos nord-sud. 

Del què tenim més dades és de les necròpolis que es comencen a fer servir a partir d'aquest moment a les zones sud i oest de la ciutat conegudes amb el nom de Bonjoan, Mateu, Granada, Parking i Martí. La majoria de tombes són molt simples i segueixen el ritual d'inhumació amb uns aixovars molt pobres, només es troben ceràmiques rituals com lekitos, fíbules, joies i figures de terracota. 

La funció comercial de la primera Empúries es reflexa clarament en el nom que adoptarà Emporion, que apareix de forma abreviada en les seves primeres dracmes de plata EMP, que significa en grec mercat. 

En l'extrem meridional de la ciutat grega trobem a finals del segle V aC una possible zona sagrada, un lloc de trobada entre grecs i indígenes, de la qual només es conserven elements de decoració arquitectònica (acròteres i antefixes). El temple potser estava dedicat també a la deessa Artemis d'Efes. Es trobava fora de les muralles d'aquell moment de les qual només es conserva una torre i part de mur. 

A la primera meitat del segle IV aC es construeix, al mateix indret o sigui extramurs, el santuari a Esculapi (Asklepion) després de destruir el temple anterior. D'aquest santuari es conserva encara el podi i l'altar a on es va trobar al 1909 una escultura del déu. Esculapi era el déu de la medicina i el seu culte es va estendre amb força en la Mediterrània (més de 200 temples coneguts), es tracta d'una nova forma de religiositat més intimiste i espiritual. 

En aquest mateix moment de primera meitat del segle IV aC hi ha una reforma de les muralles meridionals que reaprofitaran les estructures del antic temple d'Artemis. La nova estructura muraria inclourà un mur situat a 25 metres de les antigues forticacions, del qual es preserven la major part i 3 torres defensives, a més a més de l'entrada que tindrà forma de L.