El primer establiment dels colons foceus es situa a l'illot de sant Martí d'Empúries a la desembocadura del riu Fluvià durant la primera meitat del segle VI aC. D'aquesta primera factoria desconeixem el seu nom i les seves característiques donat que ha perviscut l'ocupació humana. En el curs d'unes excavacions en els anys 60 es va confirmar que les estructures del primer assentament quasi no es conservaven, si bé hi havia materials arqueològics que dataven l'activitat a mitjans del segle VI aC. 

La troballa d'un capitell jònic i un fris amb dues esfinxs oposades a l'església de Sant Martí suggerí que en aquell indret es trobava un temple, segurament dedicada a la deessa Artemis d'Efes que era la divinitat nacional del foceus. 

A més a més es sap que els habitants d'aquest primer nucli enterraven als seus difunts al lloc conegut com el Portitxol, situat al sud, a la costa, a 1 Km de la factoria. La seva excavació es realitzà a l'any 1908, sense cap mena de control científic, però es disposa del material dels aixovars de les tombes. Els grecs practicaven el ritus d'inhumació.