Programa

1.- Fundamentos de informática en entornos bioinformáticos (5 ECTS)

1.1. Linux

• Línea de comandos
• Navegación por el sistema de ficheros
• Herramientas básicas

1.2. Perl / BioPerl

• Comandos del lenguaje
• Entorno de ejecución
• Depuración de errores

1.3. PHP / MySQL

• Presentación del modelo relacional
• Comandos útiles
• Entornos de trabajo

2.- Fundamentos de biología molecular (5 ECTS)

2.1 ¿Qué es la vida y qué la caracteriza?

• Organismos y células
  • Procariotas y eucariotas
  • Clasificación en reinos
  • Las moléculas de la vida
• Pequeñas moléculas
  • Proteínas
  • El ADN (ácido desoxiribonucleico)
  • El ARN (ácido ribonucleico)
• Transmisión de Información
  • Replicación del ADN
  • Mitosis
  • Meiosis
  • Recombinación

2.2 Genes y genomas

• Genética clásica: Leyes de Mendel
• El gen a nivel molecular
• Ligamiento y herencia ligada al sexo
• Otros tipos de herencia biológica
• Genomas
• Secuenciación de genomas
• Predicción y anotación de genomas

2.3. De genes a proteínas

• Transcripción
• Splicing
• Traducción
• Regulación de la expresión génica

2.4. Variación genética

• Variación genética y evolución
• La teoría de la selección natural de Darwin
• Tipos de mutación
• Mutación y selección en poblaciones
• Deriva genética
• Fijación de mutaciones

2.5. Evolución de secuencias

• Tasas evolutivas
• Definición de árbol evolutivo
• Métodos de distancia
• Métodos de máxima parsimonia
• Métodos de máxima verosimilitud

3.- Genómica Computacional (5 ECTS)

3.1. Búsqueda de información genómica

• Bases de datos de secuencias: NCBI, EMBL
• Navegadores genómicos: UCSC, ENSEMBL
• Transcritos: RefSeq, ESTs, Unigene
• Buscadores: Entrez, Biomart, UCSC
• Anotación funcional: GO, SO, OBO

3.2. Alineamiento de secuencias

• Evolución y similaridad
• Alineamiento de dos secuencias
• Alineamiento global y local
• Alineamiento múltiple
• Búsquedas en bases de datos
• Alineamiento de genomas
• Aplicaciones: BLAST, CLUSTALW, TCOFFEE, BLAT

3.3. Modelado de señales

• Patrones, logos de secuencia
• Matrices de pesos
• Modelos de Markov
• Pattern matching
• Descubrimiento de patrones
• Aplicaciones: MEME, RSA tolos

3.4. Prediccion de genes

• Estructura de un gen
• Predicción ab initio
• Predicción por homología
• Genómica comparativa
• Evaluación de predicciones
• Programas: geneid, genscan, N-scan, genewise

3.5. Regulación de la expresión génica

• Promotores y regiones reguladoras
• Phylogenetic footprinting
• Bases de datos: Transfac, Jaspar, ABS, Pazar
• Redes de regulación génica
• Microarrays