L'organització interna de la Universitat Oberta de Catalunya té en el Consell de Govern el seu màxim òrgan col·legiat de govern, amb la funció d'orientar, planificar i avaluar l'activitat universitària i d'establir les línies generals d'actuació de la Universitat en tots els seus àmbits.
La rectora és la primera autoritat de la Universitat i li correspon la màxima responsabilitat en la representació, el govern i l'administració de la Universitat. La rectora és assistida pels vicerectors i pel gerent, al qual correspon la direcció de la gestió ordinària de la Universitat i el nomenament dels directors dels estudis i dels directors d'àrea.
El Consell pot crear les comissions permanents o temporals que consideri necessàries per a desenvolupar temes concrets de política universitària.
El Consell de Govern, en qualitat de màxim òrgan col·legiat de la Universitat, ha d'aprovar:
- Les normatives pròpies de la Universitat
- Els plans d'estudis
- El calendari acadèmic
- La dotació de l'estructura docent, de recerca i de gestió
- La fixació de les carreres docents, els nivells retributius i les condicions per a participar en els processos de selecció
Les decisions sobre les dotacions, la fixació de carreres docents i els nivells retributius s'han d'adequar, en tot cas, al Pla general d'actuació que defineix i aprova el Patronat de la Fundació per a la Universitat Oberta de Catalunya i als límits pressupostaris de la Universitat
D'altra banda, el Consell, abans que es presentin al Patronat de la Fundació, ha de debatre i aprovar perquè s'aprovin definitivament:
- Les modificacions de la present normativa
- Els convenis que vulgui formalitzar la Universitat
- El pressupost i els balanços de la Universitat
- El pla d'actuació de la Universitat
- La memòria comprensiva de les activitats docent i investigadora que la Universitat ha dut a terme
- Els reglaments de règim interior
- Les tarifes dels materials i serveis universitaris
- La proposta de realització de nous estudis
- La normativa d'accés dels estudiants a la Universitat