La Fundació es regeix per un patronat integrat per entitats d'àmplia implantació a tot el territori i dotades d'un gran prestigi social. En formen part:
- la Generalitat de Catalunya, que hi té majoria,
- la Federació Catalana de Caixes d'Estalvi
- la Cambra Oficial de Comerç, Indústria i Navegació de Barcelona
- la Cambra de Comerç de Reus
- la Corporació Catalana de Ràdio i Televisió,
- la Fundació Enciclopèdia Catalana, i
- la Fundació Telefònica
El Patronat és el màxim òrgan de representació, govern i administració de la Fundació, segons els Estatuts de la FUOC, secció 1, article 14.1.
Les principals funcions del Patronat respecte de la Universitat Oberta de Catalunya són:
- Aprovar i, si escau, modificar les Normes d'organització i funcionament de la Universitat Oberta de Catalunya.
- Nomenar i revocar el rector i el gerent.
- Aprovar el pressupost i els balanços de la Universitat.
- Aprovar el pla d'actuació presentat pel rector i avaluar-ne els resultats.
El president del Patronat és el conseller d'Innovació, Universitats i Empresa de la Generalitat de Catalunya.