Además de la estructura organizativa de la UOC, es necesario contar con unos órganos de coordinación y representación que permitan asegurar que todos los recursos y servicios tienen carácter transversal para toda la oferta de formación, pero que atiendan a la diversidad de necesidades, fruto de las características específicas de los programas. Los órganos de coordinación y representación facilitan la comunicación y el debate de los procesos transversales.

Los principales órganos de coordinación y representación de la Universidad actualmente son los siguientes: 

Consejo de Gobierno

Está constituido por el rector, los vicerrectores, el gerente y el secretario general y por un representante del profesorado, un representante de los estudiantes y un representante del personal de gestión. Estos representantes son elegidos por el Consejo de Universidad y el Consejo de Estudiantes entre sus miembros mediante los procedimientos establecidos para cada colectivo. De acuerdo con la legislación vigente, la mayor parte de sus integrantes pertenece al personal académico.

Sus funciones son velar por el cumplimiento de la normativa legal y estatutaria vigente; proponer al Patronato de la FUOC las líneas estratégicas y programáticas de la Universidad; orientar, planificar y evaluar la actividad universitaria en la vertiente académica, y establecer las líneas generales de funcionamiento de la Universidad en todos los ámbitos. Se reúne ordinariamente una vez por semestre.

Consejo de Dirección

Está constituido por el rector, los vicerrectores, el gerente, el secretario general y el director del Gabinete del Rectorado y de Relaciones Institucionales. Se reúne semanalmente. Este es el órgano permanente de administración y gestión de la Universidad y su misión es conducir los asuntos ordinarios de la institución. Para ello asume todas las funciones que el Consejo de Gobierno le delegue, según lo previsto en las Normas de organización y funcionamiento (NOF) de la Universidad. Entre otras cuestiones, vela específicamente para que toda la actividad de la UOC se rija por los principios de optimización, equilibrio presupuestario y eficiencia.

Consejo de Universidad

Es el máximo órgano de participación de la comunidad universitaria. Está formado por los miembros previstos en las Normas de organización y funcionamiento de la UOC y está presidido por el rector. El personal académico tiene en él una representación mayoritaria. Sus funciones son debatir las líneas estratégicas y los objetivos de la UOC, manifestar la opinión sobre temas que afecten a la universidad y proponer las iniciativas que estime oportunas, debatir los aspectos que afecten a la carrera profesional del personal académico y de gestión, ser escuchado en el nombramiento del rector antes de ser nombrado formalmente y tratar cualquier otro tema propuesto por el rector, el Consejo de Gobierno o el Consejo de Dirección.

Comisión Estratégica

La integran los miembros del Consejo de Dirección, los directores de los estudios, el director del IN3, el director del eLearn Center, el director de la Escuela de Doctorado, los directores de área y el director de Oberta Publishing. El rector convoca y preside las sesiones. La Comisión se reúne mensualmente. Los temas que se tratan principalmente se relacionan con la propuesta al Consejo de Gobierno del plan estratégico y de los planes de objetivos de cada curso, y con el seguimiento y la coordinación de su ejecución; la propuesta al rector y al Consejo de Gobierno de acciones estratégicas y específicas; el favorecimiento de la coordinación entre los diferentes sectores de la universidad, y la facilitación a todos sus miembros de la información necesaria para asegurar el flujo en toda la organización.

Comisión Académica

Está integrada por los miembros del Consejo de Dirección, los directores de los estudios, el director del Internet Interdisciplinary Institute (IN3), el director del eLearn Center y el director de la Escuela de Doctorado. El rector preside la Comisión. Se reúne para tratar los temas relacionados con el seguimiento y la coordinación de la ejecución de la actividad académica de acuerdo con las bases del Plan estratégico de la Universidad y el Plan anual de objetivos; la coordinación y el alineamiento estratégico de la docencia, la investigación, la difusión y la transferencia de tecnología de la Universidad; el impulso de los programas interdisciplinarios; la promoción del desarrollo de la comunidad académica y de sus miembros, y el asesoramiento al rector y al Consejo de Gobierno en todos los ámbitos de la vida académica.

Comisión de Investigación y Doctorado de la UOC

Está integrada por la vicerrectora de Planificación Estratégica e Investigación, que la preside; el director del IN3, el director del eLearn Center, el director de la Escuela de Doctorado, la dirección de la Oficina de Apoyo a la Investigación y la Transferencia (OSRT) y la dirección de Servicios de Apoyo a la Investigación.

Comisión de Programas

Está integrada por el vicerrector de Docencia y Aprendizaje, que la preside; el director de Operaciones, los directores/as de programa, los administradores/as de estudios / mánager de programa y los responsables operativos de procesos de gestión. Se ocupa de la planificación general de toda la oferta formativa y la actividad académica, de la coordinación de los aspectos clave y transversales de la actividad académica y del análisis y evaluación de resultados.

Comisión de Gestión

Está integrada por los miembros del Consejo de Dirección, los directores de área y el director de Oberta Publishing. Se reúne una vez al mes para realizar el seguimiento de la actividad de las áreas de gestión.

Comité de Empresa

Está formado por 17 personas (doce representantes del personal de gestión y cinco del personal docente e investigador), que confluyen en un único comité, a pesar de que en su momento hubo dos procesos electorales que funcionaron paralelamente: uno para elegir a los representantes del personal de gestión y otro para elegir a los del personal docente e investigador. Lo componen un presidente, una secretaría y quince vocales. De estos, cinco más el presidente y la secretaría forman parte de la Comisión Permanente. No tiene una periodicidad establecida de reuniones. Se reúne cuando lo requieren sus funciones. La participación de los trabajadores en la empresa es un derecho laboral básico y se articula mediante el Comité de Empresa, que es un órgano de representación colegiada de los intereses de los trabajadores.