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El IN3 está compuesto por diez grupos de investigación, que centran su actividad en cuestiones como:
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Criterios para ser reconocido como un grupo de investigación del IN3
Para poder llegar a ser un grupo de investigación del IN3, hay que pasar un proceso de selección a través de las convocatorias, tanto internas como externas, que se abren a tal efecto. En estas convocatorias se seleccionará al investigador líder de un grupo, que puede incorporar también las figuras siguientes: investigadores predoctorales, investigadores posdoctorales, técnicos de apoyo a la investigación, gestores de proyectos, profesorado de la universidad, staff scientists o research associates, entre otras figuras.
Hay que tener presente que todos los grupos tendrán que pasar por un proceso de evaluación periódica para poder mantenerse adscritos al Instituto. En caso de que un grupo no supere el proceso de evaluación (y también en los casos de jubilación o salida del líder del grupo de la institución), el grupo se disolverá y perderá su vinculación al Instituto.