A banda de l'estructura organitzativa de la UOC, és necessari disposar d'uns òrgans de coordinació i representació que permetin assegurar que tots els recursos i serveis tenen caràcter transversal per a tota l'oferta de formació, però que atenguin a la diversitat de necessitats, fruit de les característiques específiques dels programes. Els òrgans de coordinació i representació faciliten la comunicació i el debat dels processos transversals. 

Els òrgans principals de coordinació i de representació de la Universitat a dia d'avui són els següents: 

Consell de Govern

És constituït pel rector, els vicerectors, el gerent, el secretari general i per un representant del professorat, un representant dels estudiants i un representant del personal de gestió. Aquests representants són elegits pel Consell d'Universitat i el Consell d'Estudiants entre els seus membres mitjançant els procediments establerts per a cada col·lectiu. D'acord amb la legislació vigent, la major part dels seus integrants pertany al personal acadèmic.

Les seves funcions són vetllar pel compliment de la normativa legal i estatutària vigent; proposar al Patronat de la FUOC les línies estratègiques i programàtiques de la Universitat; orientar, planificar i avaluar l'activitat universitària en el vessant acadèmic, i establir les línies generals de funcionament de la Universitat en tots els àmbits. Es reuneix ordinàriament un cop per semestre.

Consell de Direcció

És constituït pel rector, els vicerectors, el gerent, el secretari general i el director del Gabinet del Rectorat i de Relacions Institucionals. Es reuneix setmanalment. Aquest és l'òrgan permanent d'administració i gestió de la Universitat i la seva missió és la conduir els afers ordinaris de la institució. Per a fer-ho assumeix totes les funcions que el Consell de Govern li delegui, d'acord amb el que es preveu a les NOF. Entre altres qüestions, vetlla específicament perquè tota l'activitat de la UOC es regeixi pels principis d'optimització, equilibri pressupostari i eficiència.

Consell d'Universitat

És el màxim òrgan de participació de la comunitat universitària. És format pels membres previstos en les Normes d'organització i funcionament de la UOC i és presidit pel rector. El personal acadèmic hi té una representació majoritària. Les seves funcions són debatre les línies estratègiques i els objectius de la Universitat, manifestar l'opinió sobre temes que afectin la Universitat i proposar les iniciatives que estimi oportunes, debatre els aspectes que afectin la carrera professional del personal acadèmic i de gestió, ser escoltat en el nomenament del rector abans de ser nomenat formalment, i tractar qualsevol altre tema proposat pel rector, el Consell de Govern o el Consell de Direcció.

Comissió Estratègica

La Comissió es reuneix mensualment i la integren els membres del Consell de Direcció, els directors dels estudis, el director de l'IN3, el director de l'eLearn Center, el director de l'Escola de Doctorat, els directors d'àrea i el director d'Oberta Publishing. Convoca i presideix les sessions el rector. Els temes que es tracten principalment es relacionen amb la proposta al Consell de Govern del pla estratègic i dels plans d'objectius de cada curs, i amb el seguiment i la coordinació de la seva execució; la proposta a el rector i al Consell de Govern d'accions estratègiques i específiques; l'afavoriment de la coordinació entre els diferents sectors de la Universitat, i la facilitació a tots els seus membres de la informació necessària per a assegurar-ne el flux a tota l'organització.

Comissió Acadèmica

És integrada pels membres del Consell de Direcció, els directors dels estudis, el director de l'IN3, el director de l'eLearn Center i pel director de l'Escola de Doctorat. El rector presideix la Comissió. Es reuneix per tractar els temes relacionats amb el seguiment i la coordinació de l'execució de l'activitat acadèmica d'acord amb les bases del Pla estratègic de la Universitat i el Pla anual d'objectius; la coordinació i l'alineament estratègic de la docència, la recerca, la difusió i la transferència de tecnologia de la Universitat; l'impuls dels programes interdisciplinaris; la promoció del desenvolupament de la comunitat acadèmica i dels seus membres, i l'assessorament al rector i al Consell de Govern, en tots els àmbits de la vida acadèmica.

Comissió de Recerca i Doctorat de la UOC

És integrada per la vicerectora de Planificació Estratègica i Recerca, que la presideix; el director de l'IN3, el director de l'eLearn Center, el director de l'Escola de Doctorat, la direcció de l'OSRT i la direcció de Serveis de suport a la recerca.

Comissió de Programes

És integrada pel vicerector de Docència i Aprenentatge, que la presideix; el director d'Operacions, els directors/es de programa, els administradors/es d'estudis / Mànagers de programa, i els responsables operatius processos gestió. S'ocupa de la planificació general de tota l'oferta formativa i l'activitat acadèmica, de la coordinació dels aspectes clau i transversals de l'activitat acadèmica i de l'anàlisi i avaluació de resultats.

Comissió de Gestió

És integrada pels membres del Consell de Direcció, els directors d'àrea i el director d'Oberta Publishing. Es reuneix un cop al mes per al seguiment de l'activitat de les àrees de gestió.

Comitè d'Empresa

És format per 17 persones (12 representants del personal de gestió i 5 del personal docent i investigador), que conflueixen en un únic comitè, tot i que en el seu moment hi va haver dos processos electorals que van funcionar paral·lelament: un per a escollir els representants del personal de gestió i un altre per a escollir els del personal docent i investigador. El componen un president, una secretaria i quinze vocals. D'aquests, cinc més el president i la secretaria formen part de la Comissió Permanent. No té una periodicitat establerta de reunions. Es reuneix quan ho requereixen les seves funcions. La participació dels treballadors en l'empresa és un dret laboral bàsic i s'articula per mitjà del Comitè d'Empresa, que és un òrgan de representació col·legiada dels interessos dels treballadors.